フォトマスクの検査で大きな問題になっているのは、パターン検査以外のところにある。一般的に、パターン検査装置は汚染やマスクブランクスの検査に使用されている装置ほど信頼性は高くない。パターン検査装置は複雑であるため、生産ラインの中でも高価な設備となっている。これには理由がある。パターン検査装置は正確でなければならないため、装置開発に時間がかかるためである。また、装置を生産ラインに投入し、必要なデータを取得するにも時間がかかるためである。さらに、パターン検査装置で考慮しなければならないことは、波長が変更されると装置の世代も変わり複雑になることである。暫定的なアップグレードを行うと、習得に時間がかかり効率が下がる場合がある。
生産ラインと検査装置の連携を高めることが必要不可欠になっている。簡単な例を挙げると、欠陥レビューのデータと欠陥リペアのデータとの接続がある。欠陥レビューは他の方法と合わせて行われることがある。SEMやμRamanは欠陥のレビューや、より詳細に欠陥を調べる上で非常に有用な方法である。現在、検査データはパターンの転写性を評価するシミュレータに送られるようになっている。
重要な工程でマスク検査の重要性が高まってきている。パターンの転写性に懸念のある領域をコスト効率がよくかつ高速に検査を行わなければならない。DFM(Design For Manufacturing)やDFY(Design For Yield)の話にあるように、エンジニア間で情報のやりとりが行われるようになっている。設計が複雑になってきているため、設計チームだけで開発することが難しい。設計者がデータベースを作成し、マスクメーカーがそのデータを利用して実際の物理量に変換し、装置ベンダーが検査装置やパターンの転写性を評価するシミュレータを作るといった動きになっている。